《新鬼武者》是继以织田信长为主题的三部曲完结后，另一个新故事的开始。故事叙述统帅幻魔大军纵横战国时代的幻魔王 织田信长，在本能寺被明智左马介消灭之后，原为信长部下的 丰臣秀吉 趁势崛起，在信长死后统一天下，危害世间的幻魔也…

正邪不能两立，光明与黑暗永远敌对。远古时期，正义的魔弹战士们为了世界的和平，早已开始和邪恶的魔物对抗，在双方实力平分秋色之下，魔弹战士失去了能量，而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。那个邪恶的卵经过了几个世纪仍旧孕酿着…