稀出行的主人和走散了的黑猫的鲁道夫坐卡车里摇晃,偶然到达东京大城市。鲁道夫在其附近一带得罪老板认识的猫,自己也イッパイアッテナ罗拉猫生活的决心。

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小智一行人在大树下打盹时，顽皮的波克比却没有和大伙一起入睡而跑出去玩耍，为了寻找走失的波克比，皮卡丘和所有的宝可梦们一起来到一个巨大的树林丛中，在里面遇见了电击怪，还认识了一大堆的新朋友，就在大家玩得很快乐的时候，突如其…

述踏上新冒险之旅的小智与皮卡丘，还有小刚等，路途上遇见楚楚可怜的女性“艾莉丝”，并一同前往象征“时空之塔”的白杨镇，在那里将举办口袋妖怪华丽大赛。然而，最近在白杨镇出现一个来历不明的口袋妖怪，他会让人与口袋妖怪昏厥并产生…

为了参加下一场神奇宝贝华丽大赛，小智、小光和小刚一行人来到了阿拉莫斯镇。他们在镇上遇见了一个名叫爱丽斯的漂亮女孩。爱丽斯带着大家四处游览，并参观这里的标志性建筑——时空之塔和一座美丽庭园。在这座庭园里，小智发现了可疑的影…

“反转世界”是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是骑拉帝纳栖居的特殊空间。然而帝牙卢卡和帕路奇犽的战斗造成了时空的扭曲，“反转世界”也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的骑拉帝…

为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续在世界各地旅行。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，在比赛的时候，小智多次得到一个…

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