主人公・柳生一平は、山奥のトキオ村にある私立忍者小学校に通う４年生。悪友の伊賀山、根来、亀之丞、それにガールフレンドのアゲハちゃんらと共に、今日も修行に、遊びに励んでいく。時にはライバルのテクノ村のメカ小学校や、さまざま…