企业号宇宙飞船遨游在太空，在人类和外星人中间传播好意，同时也在防范敌对星球有可能的攻击行为，因为有迹象表明，星际联盟的老对头罗木兰星球有可能发起新一轮的攻击。皮卡特船长和他的船员们也在小心翼翼的观察着事态的进展，时刻准备…

延续前一集的剧情，狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落…

现在是2025年,水是稀缺的,被世界各地的公司垄断.一天,一个贫穷的工人马丁遇见了一个神秘的陌生人,瞬间被赋予了超能力为大众创造水.马丁成为了超级英雄.但他获得的力量却又给他带来了强大的压力和麻烦,他试图摆脱,然而事实证明那是不可能…