迈克尔·斯科菲尔德正陷于无望的困境中——他的哥哥林肯·巴罗斯被认定犯有谋杀罪被投入了FoxRiver监狱的死囚牢。虽然所有的证据都指出林肯就是凶手，迈克尔却坚信兄长是无辜的。林肯的死刑执行日越来越逼近，在没有其他选择的情况下，迈…

麦克为了帮莎拉顶罪进入了巴拿马最凶险的监狱——SONA，这里专门关押一些重刑犯。因为这里几年前囚犯们发生了暴乱，当地的军队已经完全撤出，剩下这里的犯人自生自灭。这时，林肯的儿子LJ和莎拉被Company的人绑架了，他们要求麦克帮助他…

第一季的最后一集，当迈克（文特沃斯 米勒 Wentworth Miller 饰）和林肯（多米尼克 珀塞尔 Dominic Purcell 饰）他们跑到黑帮老大阿布鲁奇派来的飞机所停泊的地方时，飞行员因为安全问题而没等到他们就离开了。逃脱的囚犯们只能望天长叹…

琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡在X战警中造成了持续的影响，斯科特和金刚狼罗根（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）恍然若失。学院的教学任务落在了风暴女（哈莉·贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人的肩上，异种人在这里才能得…