晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫…

风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，…

脑神经外科专家李伟杰博士在其助手玛丽的协助下，成功为一对猴子完成换头手术，引发全球轰动，评估为人换头成功率占八成。李伟杰的妻子刘熙半身不遂，靠轮椅代步，李伟杰与助手玛丽发展为地下情人。因为一些特殊原因，李伟杰被迫做了全球…