在实现世界性非武装化的2007年，如超古代文明人幽怜所预言:二大怪兽“哥尔赞”及“美尔巴”出现了。在怪兽攻击的目标——金字塔内，发现了三座巨大的石像。其中两座巨像被怪兽摧毁了。在这紧要关头，有着超古代人遗传因子，属于地球和平…

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉…

大悟与麗奈的兒子翼在一次飛機測試的途中回到了古代，并被一幫村民救起。企圖支配黑暗的杜古馬、大達拿和我龍操縱怪獸佐蒙多展開襲擊村落的計劃。翼和村民準備對抗怪獸的入侵……一面倒防守的村民的身邊出現了一位旅途中的勇士馬巴，他手…