太平洋战争末期，日军在太平洋的各个岛屿包括爪哇、中途岛、印尼等都遭到了盟军的全方面攻击，日军陷入了空前的危机中。本片叙述的是一支日本部队在弹尽粮绝的恶劣环境中，为生存而坚持的最后垂死挣扎......

在忍之谷附近的一个山洞，发现不明物体似向某个地方传达讯息......另一 边在疾风流忍术学校忍风馆，馆长日向无限斋为应付五百年一次的忍术比试，开始教导众学员。突然间发生地震，结界被破坏，宇宙忍群邪神者出现并将所有疾风流学员杀光…