火影忍者全集故事背景是一个忍者的世界。在Naruto的世界中，忍者这个职业，就像HunterXHunter里的猎人、One Piece里的海盗一样，是少年们的梦想！不过这回的主人公鸣人和自学成才的小冈、路飞不一样，他是木叶忍者村的忍者学校中科班毕业…

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能…

统治着大陆的5个大国。其中的四个国家，云，岩，雾，砂的守护忍者去向不明。失去了拥有特殊能力的“血継限界＊”的四个忍者的国家，把矛头指向了唯一没有受害的国家--火。心存鬼胎的大国可能陷入大战。如果这样的话，可能成为第四次忍界…