怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。在此之后，大地下落不明，艾克斯奥特曼值得拜托SS…

受少女由佳所托，SSP开始寻找X终端的主人——大空大地。这时，盯上了艾克斯的魔女姆尔娜派宇宙人军团袭击了SSP，千钧一发之际，凯回来了……</span>