《深海巨妖2》承接上一部的精彩剧情，面人爷爷在对抗恶势力的过程中不幸遇难，临终前嘱咐蒋云飞不要再苟且度日迷失自己，势必要帮助大雁战胜幽冥王，结束这样毫无人性的黑暗统治，心系妹妹的王大雁不顾路途凶险执意要前往魔域，蒋云飞为…

天合十三年，洛阳安家肆奸植党，荼毒洛阳百姓，势力不断扩大，并勾结了妖道凌玄上师，意欲起兵造反。心系天下的书生杜子腾将凌玄之徒月半娇引入正道，与背负杀妻之仇的青莲剑客李白，一同踏上了拯救苍生的道路……洛阳之战一触即发。

上元节，繁华的长安城内妖气弥漫，文武百官进宫赴宴，国师凌玄上师与爱徒月半娇也在其中。月半娇隐约见到贵妃变成树妖，不顾师父阻拦将其打倒在地。皇帝大怒，下旨将月半娇押入大牢，月半娇狱中遇到同被关押的青年才子杜子腾，两人逃离监…

顺治年间滇南王表面辞官，私下却加紧部署兵力，准备反攻，宝爵爷陈绳武与顺治皇帝这一对沙雕兄弟在阴差阳错之下被困滇南王的地盘，与朝廷叛臣、反清复明势力、觊觎权力的青楼老板，贪恋美色的“官二代”等各方势力周旋斗争的故事。危险重…

讲述了蒋云飞及其妻子一行人在幽冥船寻找在船上失踪的孩子妙妙，却遭到了幽冥王及其手下的攻击，蒋妻和随行的副官都被残忍杀害，尸体也都被将左将右处理，只有蒋云飞被留了活口。多年后，身手敏捷鬼灵精怪的王大雁在魔船上丢了妹妹，巧遇…