本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。　　同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。rn

已经迎来了宇宙开拓时代的人类，组成了为开采在宇宙行星的资源进行支援的战斗组织[ZAP SPACY] 。『超级银河—大怪兽乱斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙运输船船员们而展开的故事。他们更改了当初的航行计划，并驶向了宇宙的边境行星——波利…

异次元人亚波妄想侵占地球，制造了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的导弹超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的货…

奥特兄弟：奥特曼、赛文、杰克、艾斯，为了阻止亚波人怨气的集合体最终超兽萨乌鲁斯攻击地球、也为了避免在宇宙空间展开激烈的战争，奥特兄弟与强大的合体兽进行了一番苦战。但隐约感觉到神户将会沉没的奥特兄弟，使用了"最终十字屏…

异次元人亚波妄想侵占地球，炮制了一系列宇宙怪兽和地球生物合成的超兽。被称为第1号的超兽贝劳克恩在日本福山市登场。前去迎战的地球防卫军全军覆没。这时，在惨遭破坏的大街上，有二位把自己生命置之度外的青年，他们是面包房的驾驶员…

光之国最强的年轻战士赛罗奥特曼、传说的英雄戴拿奥特曼、慈爱的勇者高斯奥特曼，尽管来自不同宇宙的3位奥特英雄，为解决地球未曾有过的危机超越时空集结！个性不同的3位奥特战士们，和在苦境中已经失去希望的地球人类，用勇气和牵绊抓住…

受到突如其来的怪兽袭击，地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望，由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。 与此同时，因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕…

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，平行存在于现实世界中…